Nous sommes habités par une très importante population de bactéries. "Pour donner un chiffre, il y en a 100 milliards dans un gramme des selles humaines, autant que le nombre de cellules qui constituent notre cerveau", précise Gérard Corthier, bactériologiste et immunologiste, ancien directeur de l'unité Inra d'écologie et de physiologie digestive à Jouy-en-Josas, en introduction d'un livre* consacré aux "bonnes" bactéries qui peuplent notre tube digestif. Les chercheurs utilisent le mot de "microbiote", ce qui veut littéralement dire le "petit vivant", pour en parler. Autrefois, ils utilisaient le mot de "microflore", plus poétique mais pouvant prêter à confusion.
Dès la bouche, point d'entrée des aliments, il y a des niches écologiques, des endroits tranquilles où les populations bactériennes peuvent se développer tranquillement. C'est notamment le cas autour des dents, en raison de la présence (plus ou moins durable, selon l'hygiène) de débris alimentaires. Les bactéries en profitent même pour se faire un habitat solide, la plaque dentaire. L'oesophage qui suit est désert. Il permet la descente directe vers l'estomac, un milieu hostile car très acide.
Mille milliards de bactéries
Vient ensuite l'intestin grêle que les aliments, préalablement malaxés, mettent entre 30 minutes à 5 heures à franchir. C'est dans cet endroit qu'ils seront digérés par des enzymes libérées par le pancréas. Après le passage d'une "porte" près de l'appendice, on entre dans le colon. Il faudra un à quatre jours pour en sortir. Et c'est là que réside la plus grande part de notre microbiote. On y compte environ 1 000 milliards de bactéries par gramme. Elles se chargent de la digestion des résidus alimentaires qui n'ont pas été absorbés dans l'intestin grêle.
Parmi elles, la fameuse Escherichia coli, bactérie la plus étudiée par les microbiologistes. "Elle sait vivre à la fois en présence et en l'absence d'oxygène, note le spécialiste de l'Inra. Quand on lui donne tout ce dont elle a besoin, elle se divise pour doubler sa population toutes les 20 minutes, jusqu'à épuisement des réserves du milieu. Les souches responsables de maladies sont très rares par rapport aux autres, inoffensives. Mais les autres bactéries du microbiote tolèrent tout juste l'E. coli. C'est une chance au cas où une souche pathogène serait de passage." En pratique, les E. coli ne représentent que 1/1 000 à 1/100 000 du microbiote total, qui est composé d'au moins un millier d'espèces bactériennes différentes.
Le microbiote se forme dès la naissance, il est conditionné par les échanges provenant de l'environnement du bébé. "Ces premiers moments de la vie sont certainement déterminants pour l'avenir de l'individu", estime Gérard Corthier. Ensuite, le dialogue microbes-hôte est déterminant. "Tout déséquilibre de microbiote peut expliquer l'apparition de différentes pathologies. Une fine connaissance des interactions avec les aliments devrait permettre de rationaliser les apports et les recommandations nutritionnelles au service de la santé."
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